高溫高壓染色機在使用完成后要進行清理，長期使用會在缸體內壁上產生沉積物，影響了高溫高壓染色機染色過程中的使用，有可能會影響染色織物的質量。

高溫高壓染色機經常用NaOH或酸性亞硫酸鹽凈洗劑洗缸來清除低聚物，也可以加入載體有利于低聚物的溶解，加入耐高溫的分散劑可以減緩低聚物的沉析，快速降溫和高溫排液也可以預防低聚物的沉積和凝聚。
 堿垢、鈣鹽、纖維屑的清除，可以用鹽酸或硫酸清洗，效果很好，但對不銹鋼（染缸內壁普遍采用耐腐蝕不銹鋼）有明顯的影響，鍍鉻層光澤完全消失，腐蝕性很大。建議采用傳化的TF-105F清缸劑，不含強酸，對缸體沒有腐蝕性，清缸效果很好的。
 凝聚的染料，焦油，油脂的清除，可以采用傳統(tǒng)的保缸工藝用保險粉、液堿，乳化劑等進行還原清洗。
另外，清洗染缸時一定要在機缸內加入適量的廢布，高溫高壓染色機以保證噴嘴噴出來的高速水經廢布處沖洗到平時難以到達的“死角”。